انتخاب استانداران برای دولت جدید چالش‌های مختلفی به همراه داشته است. به نظر میرسد که رئیسی به طور شخصی نظارتی بر تعیین استانداران ندارد و این تصمیم مهم را به اشخاص دیگری واگذار کرده است. چرا که به نظر می‌رسد به غیر از وزیر کشور حالا نمایندگان مجلس هم در تعیین استانداران نقش مهمی برعهده گرفته‌اند. تا پیش از این تصور میشد بنا به سابقه نظامی وزیر کشور بیشتر استانداران از نظامیان منصوب شوند، ولی حالا با زمزمه‌های دخالت نمایندگان این نظر کمی تغییر کرده است که البته به زعم بسیاری اتفاق بهتری نیست. چرا که این تصمیم باعث سهم‌خواهی نمایندگان مجلس و بروز رانتها و دخالت‌های مختلفی میشود. درحالی که انتخاب استانداران یکی از وظایف مهم و اصلی وزیر کشور است که مستقلاً و بر اساس معیارهای اعلامی رئیس دولت و برنامه‌ها و اهداف دولت در هر استان انتخاب می‌شود، اما شنیده‌ها از دولت و مجلس حاکی از این است که وزارت کشور از نمایندگان‌مجلس خواسته گزینه‌های مد نظر خود برای استانداری‌ها را پیشنهاد کنند. فارغ از ‌این‌که وزارت کشور افراد معرفی شده توسط مجلسی‌ها را به کار بگیرد یا نه، واضح است که این شیوه زمینه رانت‌خواری و فسادخیزی در استان‌ها را افزایش خواهد داد؛ اتفاقی که دقیقا برخلاف شعار اصلی دولت سیزدهم یعنی اولویت‌بخشی به برچیدن زمینه‌های شکل‌گیری فساد در دستگاه‌های اجرایی است. البته ظاهراً بیشتر نمایندگان مجلس از این موضوع استقبال کرده‌اند و آن را صرفاً یک نوعی مشورت‌خواهی دانستند، اما مسعود پزشکیان، از معدود نمایندگانی‌ست که به این شیوه انتقاد کرد و انتقاد خود را در توئیتر به این شکل نوشت: «وزارت کشور از نمایندگان درخواست کرد تا چند کاندیدا را برای استانداری معرفی کنند و در همین جهت نمایندگان عده‌ای را به وزارت کشور معرفی کردند، من این روش را قبول ندارم. روش درستی نیست، زیرا در راستای همین درخواست، نمایندگان‌ می‌خواهند تا آدم‌های خودشان برای استانداری‌ها انتخاب شوند. مشکل دو طرفه است، وزارت کشور نباید چنین درخواستی را از نمایندگان مطرح‌ می‌کرد.» علی اصغر خانی، نماینده شاهرود، از نمایندگانی است که از این‌ شیوه استقبال کرده و آن را ابتکار عمل، اقدامی مثبت و رو به جلو نامیده است. او ضمن تقدیر از وزارت کشور برای انتخاب این شیوه اظهار داشت:«آنچه که مهم است این است که شایسته‌سالاری مبنا باشد، یعنی ‌این‌که هر استاندار و فرمانداری که می‌خواهد انتخاب شود شرایط استان را بداند و با مشکلات و مسائل آشنا باشد، لذا این اقدام و اخذ مشورت از اشخاصی که به مشکلات و چهره‌های توانمند هر استان آشنا هستند، در این زمینه بسیار کمک می‌کند.» نماینده شاهرود درحالی از وزیر کشور تعریف میکند و بر شایسته‌سالاری و انتخاب فردی آشنا به مسائل و مشکلات استان تاکید می‌کند که انتخاب حسین مدرس خیابانی به عنوان استاندار سیستان و بلوچستان توسط وزارت کشور مورد انتقاد حتی برخی از اصول‌گرایان قرار گرفت. مدرس خیابانی که با فیش حقوقی ۱۱۷میلیون تومانی مسئولیت یکی از محروم‌ترین استان‌های کشور را برعهده گرفته، همان کسی‌ست که وقتی در سال ۹۹ از طرف روحانی به عنوان وزیر صمت به مجلس معرفی شد، همین نمایندگان به او رای اعتماد ندادند، ولی به انتخاب او به عنوان استاندار سیستان و بلوچستان هیچ ایرادی نگرفتند، در چنین شرایطی همراهی همه جانبه مجلس با دولت، فرض کنید استاندار استانی از جانب نمایندگان معرفی شده باشد، در این صورت که قطعاً نمایندگان‌ نمی‌توانند مسئولیت نظارتی خود را انجام دهند. علی‌اصغر عنابستانی ضمن بیان این که نمایندگان نباید در انتخاب استانداران دخالتی داشته باشند، اما این را در منافات با مشورت‌دهی به دولت و وزارت کشور نمی‌داند و معتقد است: مجمع نمایندگان استان در جایگاه نمایندگان ملت در استان بر اساس مطالبات مردم گزینه‌های مورد نظر خود و شاخص‌های خود را برای انتخاب گزینه بهتر به وزارت کشور ارائه‌ می‌دهند و قطعا وزارت کشور مستقل تصمیم‌ می‌گیرد.

تضاد با اصل تفکیک قوا از دیگر اشکالات این شیوه زیر سوال بردن اصل تفکیک قواست. انتخاب استانداران جزء مسئولیت‌های اصلی دولت‌ها و به طور خاص وزیر کشور است که باید براساس معیارهای دولت انتخاب شود و در صورت عدم کارایی، نمایندگان مجلس باید وزیر کشور را مورد سوال قرار دهند، حال آنکه چنین شیوه‌‌ای دست و پای نمایندگان را هم در استیضاح وزیر خواهد بست. ضمن ‌این‌که ما تجربه تلخ دخالت و فشار دیگران به وزیر کشور برای معرفی استانداران را در دولت‌های قبلی مخصوصا در دولت احمدی‌نژاد داشتیم. آن زمان معمولا تحت تاثیر فشار یک باند یا یک شخص نزدیک به احمدی‌نژاد، استاندار یا فرمانداری تعیین‌ می‌شد و جایگاه وزیر کشور صرفا به صادر کننده حکم محدود‌ می‌شد. اتفاقی که مقدمه شکل‌گیری رانت‌خواری و فساد‌های محلی و منطقه‌‌ای است.

مخالف توصیه رهبر انقلاب از دیگر معایب این شیوه، تضاد آن با توصیه‌های رهبری‌ست. رهبر انقلاب پیشتر در دیدار با نمایندگان مجلس به آن‌ها در این مورد هشدار داده بود و جالب اینجاست که در هشدار ایشان، صریحا به انتصابات فرمانداران و استانداران و اجتناب نمایندگان از دخالت در آن اشاره شده است‌. ایشان خطاب به نمایندگان گفتند: «یکی از آسیب‌ها ورود نمایندگان در مسائل اجرایی است. فرض بفرمایید وارد شدن در ‌این‌که مدیر کل فلان تشکیلات در شهر یا استان ما چه کسی باشد، چه کسی نباشد. استاندار و فرماندار و از این قبیل‌. حالا یک وقت در مواردی یک حالت اضطراری ممکن است رخ بدهد که آن موارد استثنائی را من کار ندارم اما به طور معمول نمایندگان محترم از این مسائل اجرایی باید کناره بگیرند، وارد شدن در این مسائل و با مسئول اجرایی در این زمینه گفت‌وگو کردن و توافق کردن و امثال اینها خطراتی دارد؛ از این بایستی اجتناب بشود.» در همین زمینه عبدالله گنجی از فعالان رسانه‌‌ای اصول‌گرا هم در توئیتر نوشت: «وزارت کشور به عنوان مرجع قانونی انتخاب استانداران عنان انتخاب را در دست خود گیرد. اثرات کدورت‌ها و بکش، بکش و لابی‌های تخریبی بین نحله‌های مختلف در درون یک استان و کشاندن آن به شبکه‌های اجتماعی ممکن است سالهای طولانی بر جای بماند. درگیر کردن مراجع دیگر تعامل نیست، گسترش باج‌دهی است.»

فرضیه تکراری سهم‌خواهی مجلس آفت دیگر این شیوه تقویت فرضیه سهم‌خواهی مجلسیان از ابراهیم رئیسی است. تا به حال به صورت مستقیم دو نفر از نمایندگان مجلس به وزارت رسیده‌اند و یک نفر هم به معاونت ریاست جمهوری و حالا با این شیوه، ممکن است عده‌‌ای دیگر هم به صورت غیرمستقیم و با سفارش نمایندگان مجلس به دولت بپیوندند. به این ترتیب مجلس یازدهم به صورت مستقیم و غیرمستقیم منبع تامین مدیران دولت خواهد شد که طبعاً در مسیر استقلال و نظارت مجلس بر دولت اختلال ایجاد‌ می‌کند.